Yannick Haenel est fils de militaire. Il fait ses études au prytanée national militaire de La Flèche et au lycée Chateaubriand de Rennes.
À partir de 1997, il codirige la revue Ligne de risque avec François Meyronnis. Il enseigne le français jusqu’en 2005 au lycée très littéraire La Bruyère à Versailles.
Il publie plusieurs romans, dont Introduction à la mort française et Évoluer parmi les avalanches, un essai sur les tapisseries de La Dame à la licorne : À mon seul désir.
Il codirige deux volumes d’entretiens avec Philippe Sollers : « Ligne de risque » et « Poker ».
En 2007, il publie dans la collection L’infini, dirigée par Sollers, Cercle (éd. Gallimard), roman qui reçoit le prix Décembre et le prix Roger-Nimier.
Une polémique l’oppose en 2007 à Alina Reyes, l’une accusant l’autre de plagiat.
En 2008-2009, Haenel est pensionnaire à l’Académie de France à Rome – Villa Médicis.
En 2009, il reçoit le prix Interallié et le prix du roman Fnac pour Jan Karski. Ce livre comporte trois parties :
Claude Lanzmann publie une critique vigoureuse du roman dont il qualifie la troisième partie de « falsification de l’histoire ». Il reproche à Haenel d’avoir plagié les dialogues de son film sans en avoir demandé l’autorisation. Philippe Sollers, qui dirige la collection L’Infini chez Gallimard, précise qu’il a soumis à Lanzmann l’épreuve du roman avant publication, ce que Lanzmann a toujours nié. Haenel répond en revendiquant la liberté du romancier.
Yannick Haenel est chroniqueur pour le magazine de littérature et de cinéma Transfuge depuis 2010 et à Charlie Hebdo depuis la reprise de la publication après les attentats de janvier 2015.