Né le 15 février 1962 à Buenos Aires, de parents psychanalystes, Santiago Amigorena passe son enfance en Argentine, puis en Uruguay. En 1973, sa famille s’exile à Paris où après deux années à l’École internationale bilingue, il intègre le Lycée Rodin où il rencontre Cédric Klapisch, avec qui il collaborera de nombreuses fois.